一般情況下，水蛭的生命力比較強，基本無疾病，但是人工養殖由于飼養密度過大，池內水溫不穩定。餌料不新鮮，飼料殘渣未及時清理，導致水質惡化，或營養不良等因素致使水蛭發病。
在養殖過程中，要盡量細心做好每一道工序，嚴格把關，盡量杜絕病原體的侵入，以減少疾病的發生。
（1）：白點病；也叫潰瘍病、霜病
癥狀：患病水蛭體表有白點泡狀物和白色斑塊，運動不靈活，游動時身體不平衡，厭食
發病原因：受捕食性昆蟲或其它天敵咬傷后感染細菌或在硬物上擦傷后感染細菌所引起。
防治方法：用藥：‘白點靈’‘甲礬霉素粉’按說明書兌水后全池潑灑。
（2）腸胃病
癥狀：食欲不振，懶于活動，肛門紅腫。
原因：吃了腐敗變質或難以消化的食物引起。
防治方法：用0.4%抗生素藥【如青霉素、鏈霉素】添加到食物中混拌均勻投喂后可受到一定的效果。
（3）：干枯病
癥狀：活動減少或停止活動，蛭體發黑，消瘦，脫水萎縮，干癟等情況。
原因：外界溫度太高>36℃，池邊濕度太低造成。
防治方法;搭棚遮陰降溫，灑水保濕投喂拌有酵母片或土霉素的餌料也會收到一定的防治效果。
注：在養殖的過程中，水蛭的疾病主要靠前期的預防，定期對池內水體消毒殺蟲殺菌以減少病原體的侵入。