中國農業(yè)科學院農業(yè)資源與農業(yè)區(qū)劃研究所于2003年5月由中國農業(yè)科學院土壤肥料研究所（成立于1957年8月）與農業(yè)自然資源和農業(yè)區(qū)劃研究所（成立于1979年2月）整合組建而成。是以土壤肥料、農業(yè)資源利用和區(qū)域發(fā)展為主導的國家級公益性綜合研究機構。

截止2012年4月，全所在職職工309人，其中高級職稱研究人員138人，研究人員中59%具有博士學位，研究生導師92名。

作為國家級農業(yè)資源與環(huán)境研究中心，研究所以服務于國家經濟建設、農業(yè)發(fā)展和農民增收為主要目標，以承擔國家、國際合作研究項目，為本領域培養(yǎng)人才為主要任務，面向全國研究探索農業(yè)資源環(huán)境領域中的理論與方法、農業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略、區(qū)域布局與結構調整、農業(yè)生產實用技術等問題，培養(yǎng)農業(yè)高級人才。

根據國家戰(zhàn)略需求與學科發(fā)展規(guī)劃，研究所圍繞植物營養(yǎng)與肥料、農業(yè)遙感、區(qū)域農業(yè)發(fā)展與生態(tài)環(huán)境建設、現代土壤學和農業(yè)微生物資源與利用5大重點學科領域，組建了5支院級科技創(chuàng)新團隊。為促進院級創(chuàng)新團隊健康成長與可持續(xù)發(fā)展，在院級創(chuàng)新團隊內依據優(yōu)勢研究方向，組建了植物營養(yǎng)、肥料、農業(yè)遙感、土壤、農業(yè)微生物、農業(yè)水資源、現代耕作制、農業(yè)生態(tài)與環(huán)境、草地科學、農業(yè)資源管理、農業(yè)區(qū)域發(fā)展、食用菌和農情信息等13個所級學科團隊（研究室）。

研究所現有1個國家工程實驗室（耕地培育技術國家工程實驗室），4個農業(yè)部重點開放實驗室（“植物營養(yǎng)與肥料[綜合]”、“農業(yè)信息技術[綜合]”、“面源污染控制【專業(yè)】”和“農業(yè)微生物資源收集與保藏【專業(yè)】”重點開放實驗室），設有“國家化肥質量監(jiān)督檢驗中心”、“農業(yè)部微生物肥料和食用菌菌種質量監(jiān)督檢驗測試中心”和“中國農業(yè)微生物菌種保藏管理中心”，建有實驗站（基地）9個、試驗協(xié)作網3個，是國家發(fā)改委甲級農業(yè)工程咨詢資質單位，全國農業(yè)資源區(qū)劃資料庫管理單位，全國農業(yè)資源信息中心和國土資源農業(yè)利用研究中心的依托單位，也是國家遙感中心農業(yè)應用部、農業(yè)部遙感應用中心研究部、中國農業(yè)科學院農業(yè)知識產權中心、中國植物營養(yǎng)與肥料學會和中國農業(yè)資源與區(qū)劃學會的掛靠單位。研究所編輯出版《植物營養(yǎng)與肥料學報》、《中國土壤與肥料》、《中國農業(yè)資源與區(qū)劃》、《中國農業(yè)信息》和《農業(yè)科研經濟管理》等學術刊物。